1926–1935: Τα πρώτα χρόνια
Η ομάδα του ΠΑΟΚ ιδρύθηκε στις 20 Απριλίου 1926. Μετά από δύο μήνες προετοιμασίας από την ίδρυση του συλλόγου, αποφασίστηκε ότι η ομάδα θα πρέπει να αγωνιστεί με τις υπόλοιπες ομάδες της Θεσσαλονίκης, ως μέλος της Ε.Π.Σ.Μ. Ο πρώτος αγώνας του συλλόγου ήταν μια νίκη εναντίον του Ηρακλή στις 26 Ιουλίου 1926 με σκορ 2–1. Ο πρώτος προπονητής του ΠΑΟΚ υπήρξε το 1926, άμισθος, ο Κώστας Ανδρεάδης. Το πρώτο επαγγελματικό συμβόλαιο που υπογράφτηκε στον ΠΑΟΚ, αφορούσε στον εβραϊκής καταγωγής Γάλλο ποδοσφαιριστή Ραϊμόν Ετιέν στις 5 Σεπτεμβρίου 1928. Το συμβόλαιο προέβλεπε ότι ο ποδοσφαιριστής, προερχόμενος από τον ελληνικό σύλλογο Πέρα Κλουμπ της Κωνσταντινούπολης, θα λάμβανε μισθό 4.000 δραχμών το μήνα.
Το όραμα των ιδρυτών του συλλόγου και το σύνολο της κοινότητας του ΠΑΟΚ για τη θέσπιση έδρας, έγινε μετά από μεγάλη προσπάθεια πραγματικότητα το 1928. Έτσι στις 12 Δεκεμβρίου του 1930 εγκαινιάστηκε η έδρα του ΠΑΟΚ, το γήπεδο του Συντριβανίου. Ακολούθησε φιλικό παιχνίδι με αντίπαλο τον Άρη όπου ο ΠΑΟΚ κέρδισε με σκορ 2–1. Το γήπεδο αυτό υπήρξε έδρα του ΠΑΟΚ ως το 1959. Σήμερα στη θέση του βρίσκεται η Θεολογική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου. Ο πρώτος ξένος προπονητής στην ιστορία της ομάδας ήταν ο Γερμανός Ρούντολφ Γκάσνερ, ο οποίος υπηρέτησε τον ΠΑΟΚ την περίοδο 1931–32.
1936-1945 Οι πρώτες διακρίσεις
Ο ΠΑΟΚ συμμετείχε για πρώτη φορά στο Πρωτάθλημα Ελλάδας την περίοδο 1935-36. Το 1937 ο ΠΑΟΚ κατέκτησε τον πρώτο του τίτλο όταν και αναδείχθηκε Πρωταθλητής Ε.Π.Σ. Μακεδονίας και συμμετείχε στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα κατακτώντας τη 2η θέση. Το 1940 κατέκτησε το Πρωτάθλημα Μακεδονίας - Θράκης. Το 1939 αναμετρήθηκε με την ΑΕΚ στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, προηγήθηκε με γκολ του Ιωαννίδη όμως τελικά η ΑΕΚ επικράτησε με σκορ 2-1. Την ίδια χρονιά αγωνίστηκε στον τελικό του Πανελληνίου πρωταθλήματος όπου έχασε σε διπλό τελικό από την ΑΕΚ και κατέκτησε τη 2η θέση.
Κατά τη διάρκεια του ελληνοϊταλικού πολέμου 1940–41, ο ΠΑΟΚ έχασε δύο ποδοσφαιριστές του που έπεσαν για την πατρίδα στα βουνά της Αλβανίας. Επρόκειτο για τον τερματοφύλακα της ομάδας Νίκο Σωτηριάδη (ο πρώτος παίκτης του ΠΑΟΚ που χρίστηκε διεθνής αγωνιζόμενος το 1938 σε επίσημο αγώνα της Εθνικής Ελλάδας), καθώς και τον αμυντικό Γιώργο Βατίκη.
1946–1959: Η κυριαρχία στη Θεσσαλονίκη
Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο και την Κατοχή, στις αρχές της δεκαετίας του '50, αρχίζουν να γράφονται οι χρυσές σελίδες της ιστορίας του ΠΑΟΚ. Δημιουργούνται τα περίφημα «τσικό του Βίλλυ», του Αυστριακού προπονητή Βίλχελμ Σβέτσιγκ, από τα οποία ξεπήδησαν μεγάλα ονόματα που άφησαν εποχή (Συμεωνίδης, Γιαννέλος, Μαργαρίτης, Χαβανίδης κλπ.).
Το 1948 ο ΠΑΟΚ κατακτά το Πρωτάθλημα Μακεδονίας και στη συνέχεια συμμετέχει στην τελική φάση του Πανελληνίου Πρωταθλήματος όπου κατετάγη 3ος. Το 1950 αναδεικνύεται για μια ακόμη φορά πρωταθλητής Μακεδονίας. Το 1951 συμμετείχε για δεύτερη φορά σε τελικό του κυπέλλου Ελλάδας, ηττήθηκε όμως από τον Ολυμπιακό.
Το καλοκαίρι του 1952 πραγματοποιήθηκε ο πρώτος νυχτερινός αγώνας στο γήπεδο του Συντριβανίου ανάμεσα στον ΠΑΟΚ και στον Πανιώνιο, εγκαινιάζοντας μ' αυτόν τον τρόπο τους προβολείς που είχαν τοποθετηθεί στο γήπεδο. Ήταν το δεύτερο γήπεδο της Ελλάδας μετά από αυτό της Λεωφόρου Αλεξάνδρας που απέκτησε ηλεκτροφωτισμό.
Το 1953 σηματοδότησε την έναρξη της χρυσής εποχής του ΠΑΟΚ. Κατά τη διάρκεια των μεταγραφών του καλοκαιριού στην ομάδα ήρθαν οι Κουϊρουκίδης, Πετρίδης, Πρόγιος, Γερούδης, Κεμανίδης, Χασιώτης και Αγγελίδης. Η απόκτηση του Λάμπη Κουϊρουκίδη από την Δόξα Δράμας αποτελεί την μεγάλη κίνηση για τη διοίκηση του ΠΑΟΚ. Μαζί με τους Λευτέρη Παπαδάκη και Χριστόφορο Γιεντζή θα δημιουργηθεί η ξακουστή επιθετική τριπλέτα και η τριετία 1953 – 1956 αποτελεί την πρώτη χρυσή εποχή του συλλόγου.
Για τέσσερις συνεχόμενες περιόδους (1954, 1955, 1956, 1957) ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το πρωτάθλημα Μακεδονίας και συμμετείχε στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα με το Χριστόφορο Γιεντζή να αναδεικνύεται πρώτος σκόρερ την περίοδο 1953-54 και το Λάμπη Κουϊρουκίδη την περίοδο 1955-56. Το 1955 ο ΠΑΟΚ αγωνίστηκε για 3η φορά σε τελικό κυπέλλου και ηττήθηκε από τον Παναθηναϊκό.
1959–1969: Το γήπεδο της Τούμπας και ο Κούδας
Το 1959 ο ΠΑΟΚ γυρίζει σελίδα στην ιστορία του, καθώς αποκτά νέα έδρα, το γήπεδο της Τούμπας. Ήδη από το 1958 είχε ενταχθεί στα εφηβικά τμήματα του συλλόγου ο Γιώργος Κούδας παίκτης που αποτέλεσε μια από τις κορυφαίες μορφές της ομάδας. Η μετακίνησή του το 1966 στον Ολυμπιακό δημιούργησε μια από τις μεγαλύτερες έριδες του ελληνικού αθλητισμού με συνέπεια ο αθλητής να μείνει εκτός αγώνων για δυο χρόνια και να επιστρέψει στον ΠΑΟΚ την περίοδο που έμπαιναν οι βάσεις για τη δημιουργία μιας πολύ ισχυρής ομάδας στα τέλη της δεκαετίας. Ο σύλλογος προχώρησε σε μεταγραφές σπουδαίων νεαρών Ελλήνων ποδοσφαιριστών. Ο Σταύρος Σαράφης, πρώτος σκόρερ στην ιστορία του συλλόγου με 136 γκολ, αποκτήθηκε από την Αναγέννηση Επανωμής το καλοκαίρι του 1968. Τον επόμενο χρόνο εντάσσονται στο δυναμικό του ΠΑΟΚ και οι Τερζανίδης, Παρίδης, Ασλανίδης και η μεγάλη ομάδα άρχισε να δημιουργείται. Είναι χαρακτηριστικό ότι σχεδόν όλο το οικοδόμημα του ΠΑΟΚ βασίστηκε σε Θεσσαλονικείς και Βορειοελλαδίτες ποδοσφαιριστές.
1970–1974: Τα δυο πρώτα Κύπελλα Ελλάδας
Με το σύνολο που έχτισε ο ΠΑΟΚ, κατάφερε να χτυπήσει τις παραδοσιακές ποδοσφαιρικές δυνάμεις της Αθήνας και κατέκτησε δύο κύπελλα το 1972 και το 1974 και ένα πρωτάθλημα το 1976, ενώ θα μπορούσε να κατακτήσει ακόμα περισσότερα τρόπαια, αν οι καταστάσεις ήταν διαφορετικές. Εξάλλου από το 1970 μέχρι και το 1974 ο Δικέφαλος αγωνίστηκε σε πέντε συνεχόμενους τελικούς κυπέλλου Ελλάδας. Καθοριστική για την εκτίναξη προς στις επιτυχίες υπήρξε η άφιξη του Άγγλου προπονητή Λες Σάνον το 1971.
Το 1972 στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας ο ΠΑΟΚ επικράτησε με 2-1 επί του Παναθηναϊκού και κατέκτησε για πρώτη φορά το τρόπαιο με το Γιώργο Κούδα να σημειώνει και τα 2 γκολ. Το 1973 κατέκτησε τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα Ελλάδας μένοντας για 2 βαθμούς μακρυά από την κορυφή. Ήταν η καλύτερη επίδοση της ομάδας από τη θέσπιση της Α' Εθνικής. Το 1974 κατέκτησε για δεύτερη φορά το Κύπελλο Ελλάδας όταν επικράτησε με σκορ 4-3 στα πέναλτι επί του Ολυμπιακού. Οι Παρίδης και Ασλανίδης σημείωσαν τα τέρματα της κανονικής διάρκειας του αγώνα και το τρόπαιο κατακτήθηκε με το εύστοχο πέναλτι του Αποστολίδη.
Το 1974 ο ΠΑΟΚ προκρίθηκε στον τρίτο γύρο του Κυπέλλου Κυπελλούχων. Επικράτησε επί της Λέγκια Βαρσοβίας και στη συνέχεια επί της Λυών την οποία κέρδισε με 4-0 στον πρώτο αγώνα. Αποκλείστηκε από τη Μίλαν καθώς το ισόπαλο αποτέλεσμα του πρώτου αγώνα δε στάθηκε αρκετό για την πρόκριση.
1975-1979 Το πρώτο Πρωτάθλημα Ελλάδας
Ο Σάνον θα αποχωρήσει από την ομάδα στις 11 Οκτωβρίου 1974 και δύο μήνες αργότερα θα αναλάβει την τεχνική ηγεσία ο Ούγγρος Γκιούλα Λόραντ, υπό την καθοδήγηση του οποίου ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το πρώτο του πρωτάθλημα το 1976 με 21 νίκες, 7 ισοπαλίες και μόλις 2 ήττες, έχοντας την καλύτερη επίθεση και άμυνα (60–17 τέρματα). Οι Κούδας, Γκουερίνο και Σαράφης ήταν οι πρώτοι σκόρερ της ομάδας με τους Φούρτουλα, Γούναρη, Ιωσηφίδη, Αναστασιάδη, Τερζανίδη να είναι μέσα στους κορυφαίους της ομάδας.
Στις 16 Σεπτεμβρίου 1975 υπό την καθοδήγηση του Γκιούλα Λόραντ ο ΠΑΟΚ σημείωσε μια μεγάλη νίκη επί της Μπαρτσελόνα του Κρόιφ με 1-0 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Το 1978 ο ΠΑΟΚ αναδείχθηκε 2ος στο πρωτάθλημα Ελλάδας αφήνοντας πίσω τον Παναθηναϊκό και τον Ολυμπιακό.
1979-1985 Η δημιουργία της ΠΑΕ και το δεύτερο πρωτάθλημα
Στις 18 Ιουλίου 1979 ιδρύεται Ποδοσφαιρική Ανώνυμη Εταιρία (ΠΑΕ ΠΑΟΚ) με αρχικό μετοχικό κεφάλαιο 37.100.000 δραχμές και πρώτο πρόεδρο και μεγαλομέτοχο τον Γιώργο Παντελάκη. Η πολύ καλή αγωνιστική πορεία συνεχίστηκε και τη δεκαετία του '80, με λίγες αποτυχημένες χρονιές. Και πάλι η ομάδα κατάφερε να φτάσει σε τρεις τελικούς κυπέλλου Ελλάδας χωρίς όμως να καταφέρει να κερδίσει το τρόπαιο.
Στην Ευρώπη παρά τις αποτυχίες ο ΠΑΟΚ κατόρθωσε να έχει ορισμένες εμφανίσεις απέναντι σε καταξιωμένους συλλόγους. Το 1982 χρειάστηκε η διαδικασία των πέναλτι για να αποκλειστεί από την Άιντραχτ Φρανκφούρτης. Την επόμενη χρονιά ο ΠΑΟΚ στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέκλεισε τη Σοσό και παρά το ότι κατάφερε βγει νικητής από τη μια αναμέτρηση με τη Σεβίλλη δεν προκρίθηκε στη συνέχεια. Το 1984 νέοι παράγοντες στην ΠΑΕ εμπιστεύονται τις τύχες της ομάδας στον Αυστριακό Βάλτερ Σκότσικ, ο οποίος δημιουργεί ένα αξιόμαχο σύνολο. Στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ μετά από δυο συγκλονιστικές αναμετρήσεις η Μπάγερν επικράτησε με 9-8 στα πέναλτι για να προκριθεί επί του ΠΑΟΚ. Την ίδια χρονιά ο ΠΑΟΚ κατακτά το 1985 το δεύτερο Πρωτάθλημα Ελλάδας και το πρώτο επαγγελματικό με απολογισμό 19 νίκες, 8 ισοπαλίες και 3 ήττες (54–26 τέρματα).
1986-1996 Τα επεισόδια πληγή για το σύλλογο
Το 1989 ο ΠΑΟΚ αναμετρήθηκε με τη Νάπολι του Ντιέγκο Μαραντόνα για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Στον πρώτο αγώνα στην Ιταλία ο ΠΑΟΚ απέσπασε ισοπαλία με 1-1 όμως στη ρεβάνς προέκυψαν σοβαρά επεισόδια σε έναν αγώνα που τελικά έληξε με την ήττα του με 1-0. Την επόμενη σεζόν χάθηκε μια ακόμα πρόκριση στα πέναλτι καθώς η Σεβίλλη πήρε την πρόκριση στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ με 4 εύστοχα πέναλτι έναντι 3 του ΠΑΟΚ.
Η δεκαετία του '90 σημαδεύτηκε από την κόντρα του τότε προέδρου της ομάδας Θωμά Βουλινού με τους οργανωμένους φιλάθλους και θα οδηγήσει στις αρχές του 1996 στην αλλαγή του ιδιοκτησιακού και διοικητικού καθεστώτος. Υπό τις οδηγίες του Ολλανδού προπονητή Άρι Χάαν ο ΠΑΟΚ την περίοδο 1994–95 τερμάτισε στην 3η θέση του πρωταθλήματος και εξέτισε την ποινή αποκλεισμού από τις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, ποινή που του είχε επιβληθεί από την ΟΥΕΦΑ το 1992 για τα επεισόδια στον αγώνα με την Παρί Σεν Ζερμέν.
1996-2007 Ο θρίαμβος του Χάιμπουρι και τα δυο Κύπελλα Ελλάδας
Η απόκτηση από την Ξάνθη του Ζήση Βρύζα το καλοκαίρι του 1996 και οι μεταγραφές του Κώστα Φραντζέσκου από τον ΟΦΗ και του Σπύρου Μαραγκού από τον Παναθηναϊκό τον Ιανουάριο του 1997 άλλαξαν τον αγωνιστικό προσανατολισμό της ομάδας και με προπονητή τον Άγγελο Αναστασιάδη ο ΠΑΟΚ πραγματοποιεί δύο εξαιρετικές σεζόν (1996–97, 1997–98), όπου θα εξασφαλίσει εύκολα την συμμετοχή στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ.
Το 1997 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ οι αναμετρήσεις με την Άρσεναλ αποτέλεσαν ορόσημο στην ιστορία του ΠΑΟΚ. Στον πρώτο αγώνα στη Θεσσαλονίκη με 1-0 με γκολ του Ζαφειρίου από κάθετη πάσα του Φραντσέσκου ο ΠΑΟΚ απέκτησε το πλεονέκτημα. Στον επαναληπτικό ο Ζήσης Βρύζας ισοφάρισε σε 1-1 λίγα λεπτά πριν τη λήξη του αγώνα και έδωσε την πρόκριση στον ΠΑΟΚ. Τα λάθη εναντίον της Ατλέτικο στον τρίτο γύρο στοίχησαν την πρόκριση στον ΠΑΟΚ.
Από το 2000 αξιόλογοι ποδοσφαιριστές μεταγράφηκαν στον ΠΑΟΚ όπως οι Γεωργιάδης, Π. Κωνσταντινίδης, Β. Μπορμπόκης, Βενετίδης, Οκκάς, Εγκωμίτης, Φρούσος, Ναλιτζής, Βαλέντσια, Καμπς. Το 2000 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ, ο ΠΑΟΚ με κορυφαίο τον Πατρίσιο Καμπς ο οποίος σημείωσε 2 γκολ, επικράτησε με 3-0 επί της πρωτοπόρου του καμπιονάτο Ουντινέζε η οποία είχε νικήσει στον πρώτο αγώνα με 2-0.
Στη συνέχεια ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το Κύπελλο το 2001 επί των Ολυμπιακού επικρατώντας με σκορ 4-2 στον τελικό που διεξήχθη στο Στάδιο της Νέας Φιλαδέλφειας. Ένα ακόμη Κύπελλο Ελλάδας κατακτήθηκε το 2003 όταν ο ΠΑΟΚ επικράτησε στον τελικό επί του Άρη με 1-0.
Το 2005 ο ΠΑΟΚ χάνει μια πολύ μεγάλη ευκαιρία να αγωνιστεί για πρώτη φορά στην ιστορία του στο Τσάμπιονς Λιγκ. Στην αναμέτρηση όμως με τη Μακάμπι χρησιμοποιήθηκε αντικανονικά ο Λιάσος Λουκά με συνέπεια η ΦΙΦΑ να επέμβει και να κατακυρώσει το πρώτο παιχνίδι υπέρ της Μακάμπι με 3-0 άνευ αγώνα
2007-2012
Το καλοκαίρι του 2007 ο Θοδωρής Ζαγοράκης που μόλις έχει εγκαταλείψει την αγωνιστική δράση, αποφασίζει να αναλάβει την προεδρία της ΠΑΕ σε μια προσπάθεια να οδηγήσει την ομάδα μακριά από το διοικητικό και οικονομικό αδιέξοδο στο οποίο είχε περιέλθει. Μία από τις πρώτες προτεραιότητές του υπήρξε η κατασκευή του νέου αθλητικού κέντρου της ομάδας στην περιοχή της Νέας Μεσημβρίας Θεσσαλονίκης. Την τεχνική ηγεσία της ομάδας ανέλαβε ο Φερνάντο Σάντος.
Την επόμενη περίοδο ο ΠΑΟΚ απέκτησε ποδοσφαιριστές με σπουδαία καριέρα στο παγκόσμιο ποδόσφαιρο όπως οι Κονσεϊσάο, Γκαρσία, Κοντρέρας οι οποίοι μαζί με τους Βιερίνια, Μουσλίμοβιτς, Ίβιτς και Χαλκιάς οδήγησαν την ομάδα από την 9η θέση της προηγούμενης χρονιάς στη 2η θέση του πρωταθλήματος στην κανονική περίοδο. Το 2010 ο ΠΑΟΚ τερμάτισε στη 2η θέση και αγωνίστηκε στα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ όπου αποκλείστηκε από τον Άγιαξ στη διαφορά τερμάτων. Συνέχισε στο Europa Legue κάνοντας μεγάλες εμφανήσεις αποκλείοντας μεγάλες ομάδες όπως η Tottenham, η Villareal κα, καταφέρνοντας να προκριθεί επί 2 σερί χρονιές στις 32 καλύτερες ομάδες του θεσμού.
2012 +
Μια νέα χρυσή εποχή για την ομάδα του ΠΑΟΚ ξεκινά με την έλευση του Ρώσσου επενδυτή ΙΒΑΝ ΣΑΒΒΙΔΗ με τις προσδoκίες του λαού του ΠΑΟΚ πλέον να είναι σαφώς πολύ περισσότερες...
Η ομάδα του ΠΑΟΚ ιδρύθηκε στις 20 Απριλίου 1926. Μετά από δύο μήνες προετοιμασίας από την ίδρυση του συλλόγου, αποφασίστηκε ότι η ομάδα θα πρέπει να αγωνιστεί με τις υπόλοιπες ομάδες της Θεσσαλονίκης, ως μέλος της Ε.Π.Σ.Μ. Ο πρώτος αγώνας του συλλόγου ήταν μια νίκη εναντίον του Ηρακλή στις 26 Ιουλίου 1926 με σκορ 2–1. Ο πρώτος προπονητής του ΠΑΟΚ υπήρξε το 1926, άμισθος, ο Κώστας Ανδρεάδης. Το πρώτο επαγγελματικό συμβόλαιο που υπογράφτηκε στον ΠΑΟΚ, αφορούσε στον εβραϊκής καταγωγής Γάλλο ποδοσφαιριστή Ραϊμόν Ετιέν στις 5 Σεπτεμβρίου 1928. Το συμβόλαιο προέβλεπε ότι ο ποδοσφαιριστής, προερχόμενος από τον ελληνικό σύλλογο Πέρα Κλουμπ της Κωνσταντινούπολης, θα λάμβανε μισθό 4.000 δραχμών το μήνα.
Το όραμα των ιδρυτών του συλλόγου και το σύνολο της κοινότητας του ΠΑΟΚ για τη θέσπιση έδρας, έγινε μετά από μεγάλη προσπάθεια πραγματικότητα το 1928. Έτσι στις 12 Δεκεμβρίου του 1930 εγκαινιάστηκε η έδρα του ΠΑΟΚ, το γήπεδο του Συντριβανίου. Ακολούθησε φιλικό παιχνίδι με αντίπαλο τον Άρη όπου ο ΠΑΟΚ κέρδισε με σκορ 2–1. Το γήπεδο αυτό υπήρξε έδρα του ΠΑΟΚ ως το 1959. Σήμερα στη θέση του βρίσκεται η Θεολογική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου. Ο πρώτος ξένος προπονητής στην ιστορία της ομάδας ήταν ο Γερμανός Ρούντολφ Γκάσνερ, ο οποίος υπηρέτησε τον ΠΑΟΚ την περίοδο 1931–32.
1936-1945 Οι πρώτες διακρίσεις
Ο ΠΑΟΚ συμμετείχε για πρώτη φορά στο Πρωτάθλημα Ελλάδας την περίοδο 1935-36. Το 1937 ο ΠΑΟΚ κατέκτησε τον πρώτο του τίτλο όταν και αναδείχθηκε Πρωταθλητής Ε.Π.Σ. Μακεδονίας και συμμετείχε στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα κατακτώντας τη 2η θέση. Το 1940 κατέκτησε το Πρωτάθλημα Μακεδονίας - Θράκης. Το 1939 αναμετρήθηκε με την ΑΕΚ στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, προηγήθηκε με γκολ του Ιωαννίδη όμως τελικά η ΑΕΚ επικράτησε με σκορ 2-1. Την ίδια χρονιά αγωνίστηκε στον τελικό του Πανελληνίου πρωταθλήματος όπου έχασε σε διπλό τελικό από την ΑΕΚ και κατέκτησε τη 2η θέση.
Κατά τη διάρκεια του ελληνοϊταλικού πολέμου 1940–41, ο ΠΑΟΚ έχασε δύο ποδοσφαιριστές του που έπεσαν για την πατρίδα στα βουνά της Αλβανίας. Επρόκειτο για τον τερματοφύλακα της ομάδας Νίκο Σωτηριάδη (ο πρώτος παίκτης του ΠΑΟΚ που χρίστηκε διεθνής αγωνιζόμενος το 1938 σε επίσημο αγώνα της Εθνικής Ελλάδας), καθώς και τον αμυντικό Γιώργο Βατίκη.
1946–1959: Η κυριαρχία στη Θεσσαλονίκη
Μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο και την Κατοχή, στις αρχές της δεκαετίας του '50, αρχίζουν να γράφονται οι χρυσές σελίδες της ιστορίας του ΠΑΟΚ. Δημιουργούνται τα περίφημα «τσικό του Βίλλυ», του Αυστριακού προπονητή Βίλχελμ Σβέτσιγκ, από τα οποία ξεπήδησαν μεγάλα ονόματα που άφησαν εποχή (Συμεωνίδης, Γιαννέλος, Μαργαρίτης, Χαβανίδης κλπ.).
Το 1948 ο ΠΑΟΚ κατακτά το Πρωτάθλημα Μακεδονίας και στη συνέχεια συμμετέχει στην τελική φάση του Πανελληνίου Πρωταθλήματος όπου κατετάγη 3ος. Το 1950 αναδεικνύεται για μια ακόμη φορά πρωταθλητής Μακεδονίας. Το 1951 συμμετείχε για δεύτερη φορά σε τελικό του κυπέλλου Ελλάδας, ηττήθηκε όμως από τον Ολυμπιακό.
Το καλοκαίρι του 1952 πραγματοποιήθηκε ο πρώτος νυχτερινός αγώνας στο γήπεδο του Συντριβανίου ανάμεσα στον ΠΑΟΚ και στον Πανιώνιο, εγκαινιάζοντας μ' αυτόν τον τρόπο τους προβολείς που είχαν τοποθετηθεί στο γήπεδο. Ήταν το δεύτερο γήπεδο της Ελλάδας μετά από αυτό της Λεωφόρου Αλεξάνδρας που απέκτησε ηλεκτροφωτισμό.
Το 1953 σηματοδότησε την έναρξη της χρυσής εποχής του ΠΑΟΚ. Κατά τη διάρκεια των μεταγραφών του καλοκαιριού στην ομάδα ήρθαν οι Κουϊρουκίδης, Πετρίδης, Πρόγιος, Γερούδης, Κεμανίδης, Χασιώτης και Αγγελίδης. Η απόκτηση του Λάμπη Κουϊρουκίδη από την Δόξα Δράμας αποτελεί την μεγάλη κίνηση για τη διοίκηση του ΠΑΟΚ. Μαζί με τους Λευτέρη Παπαδάκη και Χριστόφορο Γιεντζή θα δημιουργηθεί η ξακουστή επιθετική τριπλέτα και η τριετία 1953 – 1956 αποτελεί την πρώτη χρυσή εποχή του συλλόγου.
Για τέσσερις συνεχόμενες περιόδους (1954, 1955, 1956, 1957) ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το πρωτάθλημα Μακεδονίας και συμμετείχε στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα με το Χριστόφορο Γιεντζή να αναδεικνύεται πρώτος σκόρερ την περίοδο 1953-54 και το Λάμπη Κουϊρουκίδη την περίοδο 1955-56. Το 1955 ο ΠΑΟΚ αγωνίστηκε για 3η φορά σε τελικό κυπέλλου και ηττήθηκε από τον Παναθηναϊκό.
1959–1969: Το γήπεδο της Τούμπας και ο Κούδας
Το 1959 ο ΠΑΟΚ γυρίζει σελίδα στην ιστορία του, καθώς αποκτά νέα έδρα, το γήπεδο της Τούμπας. Ήδη από το 1958 είχε ενταχθεί στα εφηβικά τμήματα του συλλόγου ο Γιώργος Κούδας παίκτης που αποτέλεσε μια από τις κορυφαίες μορφές της ομάδας. Η μετακίνησή του το 1966 στον Ολυμπιακό δημιούργησε μια από τις μεγαλύτερες έριδες του ελληνικού αθλητισμού με συνέπεια ο αθλητής να μείνει εκτός αγώνων για δυο χρόνια και να επιστρέψει στον ΠΑΟΚ την περίοδο που έμπαιναν οι βάσεις για τη δημιουργία μιας πολύ ισχυρής ομάδας στα τέλη της δεκαετίας. Ο σύλλογος προχώρησε σε μεταγραφές σπουδαίων νεαρών Ελλήνων ποδοσφαιριστών. Ο Σταύρος Σαράφης, πρώτος σκόρερ στην ιστορία του συλλόγου με 136 γκολ, αποκτήθηκε από την Αναγέννηση Επανωμής το καλοκαίρι του 1968. Τον επόμενο χρόνο εντάσσονται στο δυναμικό του ΠΑΟΚ και οι Τερζανίδης, Παρίδης, Ασλανίδης και η μεγάλη ομάδα άρχισε να δημιουργείται. Είναι χαρακτηριστικό ότι σχεδόν όλο το οικοδόμημα του ΠΑΟΚ βασίστηκε σε Θεσσαλονικείς και Βορειοελλαδίτες ποδοσφαιριστές.
1970–1974: Τα δυο πρώτα Κύπελλα Ελλάδας
Με το σύνολο που έχτισε ο ΠΑΟΚ, κατάφερε να χτυπήσει τις παραδοσιακές ποδοσφαιρικές δυνάμεις της Αθήνας και κατέκτησε δύο κύπελλα το 1972 και το 1974 και ένα πρωτάθλημα το 1976, ενώ θα μπορούσε να κατακτήσει ακόμα περισσότερα τρόπαια, αν οι καταστάσεις ήταν διαφορετικές. Εξάλλου από το 1970 μέχρι και το 1974 ο Δικέφαλος αγωνίστηκε σε πέντε συνεχόμενους τελικούς κυπέλλου Ελλάδας. Καθοριστική για την εκτίναξη προς στις επιτυχίες υπήρξε η άφιξη του Άγγλου προπονητή Λες Σάνον το 1971.
Το 1972 στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας ο ΠΑΟΚ επικράτησε με 2-1 επί του Παναθηναϊκού και κατέκτησε για πρώτη φορά το τρόπαιο με το Γιώργο Κούδα να σημειώνει και τα 2 γκολ. Το 1973 κατέκτησε τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα Ελλάδας μένοντας για 2 βαθμούς μακρυά από την κορυφή. Ήταν η καλύτερη επίδοση της ομάδας από τη θέσπιση της Α' Εθνικής. Το 1974 κατέκτησε για δεύτερη φορά το Κύπελλο Ελλάδας όταν επικράτησε με σκορ 4-3 στα πέναλτι επί του Ολυμπιακού. Οι Παρίδης και Ασλανίδης σημείωσαν τα τέρματα της κανονικής διάρκειας του αγώνα και το τρόπαιο κατακτήθηκε με το εύστοχο πέναλτι του Αποστολίδη.
Το 1974 ο ΠΑΟΚ προκρίθηκε στον τρίτο γύρο του Κυπέλλου Κυπελλούχων. Επικράτησε επί της Λέγκια Βαρσοβίας και στη συνέχεια επί της Λυών την οποία κέρδισε με 4-0 στον πρώτο αγώνα. Αποκλείστηκε από τη Μίλαν καθώς το ισόπαλο αποτέλεσμα του πρώτου αγώνα δε στάθηκε αρκετό για την πρόκριση.
1975-1979 Το πρώτο Πρωτάθλημα Ελλάδας
Ο Σάνον θα αποχωρήσει από την ομάδα στις 11 Οκτωβρίου 1974 και δύο μήνες αργότερα θα αναλάβει την τεχνική ηγεσία ο Ούγγρος Γκιούλα Λόραντ, υπό την καθοδήγηση του οποίου ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το πρώτο του πρωτάθλημα το 1976 με 21 νίκες, 7 ισοπαλίες και μόλις 2 ήττες, έχοντας την καλύτερη επίθεση και άμυνα (60–17 τέρματα). Οι Κούδας, Γκουερίνο και Σαράφης ήταν οι πρώτοι σκόρερ της ομάδας με τους Φούρτουλα, Γούναρη, Ιωσηφίδη, Αναστασιάδη, Τερζανίδη να είναι μέσα στους κορυφαίους της ομάδας.
Στις 16 Σεπτεμβρίου 1975 υπό την καθοδήγηση του Γκιούλα Λόραντ ο ΠΑΟΚ σημείωσε μια μεγάλη νίκη επί της Μπαρτσελόνα του Κρόιφ με 1-0 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Το 1978 ο ΠΑΟΚ αναδείχθηκε 2ος στο πρωτάθλημα Ελλάδας αφήνοντας πίσω τον Παναθηναϊκό και τον Ολυμπιακό.
1979-1985 Η δημιουργία της ΠΑΕ και το δεύτερο πρωτάθλημα
Στις 18 Ιουλίου 1979 ιδρύεται Ποδοσφαιρική Ανώνυμη Εταιρία (ΠΑΕ ΠΑΟΚ) με αρχικό μετοχικό κεφάλαιο 37.100.000 δραχμές και πρώτο πρόεδρο και μεγαλομέτοχο τον Γιώργο Παντελάκη. Η πολύ καλή αγωνιστική πορεία συνεχίστηκε και τη δεκαετία του '80, με λίγες αποτυχημένες χρονιές. Και πάλι η ομάδα κατάφερε να φτάσει σε τρεις τελικούς κυπέλλου Ελλάδας χωρίς όμως να καταφέρει να κερδίσει το τρόπαιο.
Στην Ευρώπη παρά τις αποτυχίες ο ΠΑΟΚ κατόρθωσε να έχει ορισμένες εμφανίσεις απέναντι σε καταξιωμένους συλλόγους. Το 1982 χρειάστηκε η διαδικασία των πέναλτι για να αποκλειστεί από την Άιντραχτ Φρανκφούρτης. Την επόμενη χρονιά ο ΠΑΟΚ στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ απέκλεισε τη Σοσό και παρά το ότι κατάφερε βγει νικητής από τη μια αναμέτρηση με τη Σεβίλλη δεν προκρίθηκε στη συνέχεια. Το 1984 νέοι παράγοντες στην ΠΑΕ εμπιστεύονται τις τύχες της ομάδας στον Αυστριακό Βάλτερ Σκότσικ, ο οποίος δημιουργεί ένα αξιόμαχο σύνολο. Στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ μετά από δυο συγκλονιστικές αναμετρήσεις η Μπάγερν επικράτησε με 9-8 στα πέναλτι για να προκριθεί επί του ΠΑΟΚ. Την ίδια χρονιά ο ΠΑΟΚ κατακτά το 1985 το δεύτερο Πρωτάθλημα Ελλάδας και το πρώτο επαγγελματικό με απολογισμό 19 νίκες, 8 ισοπαλίες και 3 ήττες (54–26 τέρματα).
1986-1996 Τα επεισόδια πληγή για το σύλλογο
Το 1989 ο ΠΑΟΚ αναμετρήθηκε με τη Νάπολι του Ντιέγκο Μαραντόνα για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Στον πρώτο αγώνα στην Ιταλία ο ΠΑΟΚ απέσπασε ισοπαλία με 1-1 όμως στη ρεβάνς προέκυψαν σοβαρά επεισόδια σε έναν αγώνα που τελικά έληξε με την ήττα του με 1-0. Την επόμενη σεζόν χάθηκε μια ακόμα πρόκριση στα πέναλτι καθώς η Σεβίλλη πήρε την πρόκριση στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ με 4 εύστοχα πέναλτι έναντι 3 του ΠΑΟΚ.
Η δεκαετία του '90 σημαδεύτηκε από την κόντρα του τότε προέδρου της ομάδας Θωμά Βουλινού με τους οργανωμένους φιλάθλους και θα οδηγήσει στις αρχές του 1996 στην αλλαγή του ιδιοκτησιακού και διοικητικού καθεστώτος. Υπό τις οδηγίες του Ολλανδού προπονητή Άρι Χάαν ο ΠΑΟΚ την περίοδο 1994–95 τερμάτισε στην 3η θέση του πρωταθλήματος και εξέτισε την ποινή αποκλεισμού από τις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, ποινή που του είχε επιβληθεί από την ΟΥΕΦΑ το 1992 για τα επεισόδια στον αγώνα με την Παρί Σεν Ζερμέν.
1996-2007 Ο θρίαμβος του Χάιμπουρι και τα δυο Κύπελλα Ελλάδας
Η απόκτηση από την Ξάνθη του Ζήση Βρύζα το καλοκαίρι του 1996 και οι μεταγραφές του Κώστα Φραντζέσκου από τον ΟΦΗ και του Σπύρου Μαραγκού από τον Παναθηναϊκό τον Ιανουάριο του 1997 άλλαξαν τον αγωνιστικό προσανατολισμό της ομάδας και με προπονητή τον Άγγελο Αναστασιάδη ο ΠΑΟΚ πραγματοποιεί δύο εξαιρετικές σεζόν (1996–97, 1997–98), όπου θα εξασφαλίσει εύκολα την συμμετοχή στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ.
Το 1997 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ οι αναμετρήσεις με την Άρσεναλ αποτέλεσαν ορόσημο στην ιστορία του ΠΑΟΚ. Στον πρώτο αγώνα στη Θεσσαλονίκη με 1-0 με γκολ του Ζαφειρίου από κάθετη πάσα του Φραντσέσκου ο ΠΑΟΚ απέκτησε το πλεονέκτημα. Στον επαναληπτικό ο Ζήσης Βρύζας ισοφάρισε σε 1-1 λίγα λεπτά πριν τη λήξη του αγώνα και έδωσε την πρόκριση στον ΠΑΟΚ. Τα λάθη εναντίον της Ατλέτικο στον τρίτο γύρο στοίχησαν την πρόκριση στον ΠΑΟΚ.
Από το 2000 αξιόλογοι ποδοσφαιριστές μεταγράφηκαν στον ΠΑΟΚ όπως οι Γεωργιάδης, Π. Κωνσταντινίδης, Β. Μπορμπόκης, Βενετίδης, Οκκάς, Εγκωμίτης, Φρούσος, Ναλιτζής, Βαλέντσια, Καμπς. Το 2000 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ, ο ΠΑΟΚ με κορυφαίο τον Πατρίσιο Καμπς ο οποίος σημείωσε 2 γκολ, επικράτησε με 3-0 επί της πρωτοπόρου του καμπιονάτο Ουντινέζε η οποία είχε νικήσει στον πρώτο αγώνα με 2-0.
Στη συνέχεια ο ΠΑΟΚ κατέκτησε το Κύπελλο το 2001 επί των Ολυμπιακού επικρατώντας με σκορ 4-2 στον τελικό που διεξήχθη στο Στάδιο της Νέας Φιλαδέλφειας. Ένα ακόμη Κύπελλο Ελλάδας κατακτήθηκε το 2003 όταν ο ΠΑΟΚ επικράτησε στον τελικό επί του Άρη με 1-0.
Το 2005 ο ΠΑΟΚ χάνει μια πολύ μεγάλη ευκαιρία να αγωνιστεί για πρώτη φορά στην ιστορία του στο Τσάμπιονς Λιγκ. Στην αναμέτρηση όμως με τη Μακάμπι χρησιμοποιήθηκε αντικανονικά ο Λιάσος Λουκά με συνέπεια η ΦΙΦΑ να επέμβει και να κατακυρώσει το πρώτο παιχνίδι υπέρ της Μακάμπι με 3-0 άνευ αγώνα
2007-2012
Το καλοκαίρι του 2007 ο Θοδωρής Ζαγοράκης που μόλις έχει εγκαταλείψει την αγωνιστική δράση, αποφασίζει να αναλάβει την προεδρία της ΠΑΕ σε μια προσπάθεια να οδηγήσει την ομάδα μακριά από το διοικητικό και οικονομικό αδιέξοδο στο οποίο είχε περιέλθει. Μία από τις πρώτες προτεραιότητές του υπήρξε η κατασκευή του νέου αθλητικού κέντρου της ομάδας στην περιοχή της Νέας Μεσημβρίας Θεσσαλονίκης. Την τεχνική ηγεσία της ομάδας ανέλαβε ο Φερνάντο Σάντος.
Την επόμενη περίοδο ο ΠΑΟΚ απέκτησε ποδοσφαιριστές με σπουδαία καριέρα στο παγκόσμιο ποδόσφαιρο όπως οι Κονσεϊσάο, Γκαρσία, Κοντρέρας οι οποίοι μαζί με τους Βιερίνια, Μουσλίμοβιτς, Ίβιτς και Χαλκιάς οδήγησαν την ομάδα από την 9η θέση της προηγούμενης χρονιάς στη 2η θέση του πρωταθλήματος στην κανονική περίοδο. Το 2010 ο ΠΑΟΚ τερμάτισε στη 2η θέση και αγωνίστηκε στα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ όπου αποκλείστηκε από τον Άγιαξ στη διαφορά τερμάτων. Συνέχισε στο Europa Legue κάνοντας μεγάλες εμφανήσεις αποκλείοντας μεγάλες ομάδες όπως η Tottenham, η Villareal κα, καταφέρνοντας να προκριθεί επί 2 σερί χρονιές στις 32 καλύτερες ομάδες του θεσμού.
2012 +
Μια νέα χρυσή εποχή για την ομάδα του ΠΑΟΚ ξεκινά με την έλευση του Ρώσσου επενδυτή ΙΒΑΝ ΣΑΒΒΙΔΗ με τις προσδoκίες του λαού του ΠΑΟΚ πλέον να είναι σαφώς πολύ περισσότερες...